Apellido de origen geográfico, procede del lugar de dicho nombre perteneciente al Ayuntamiento de Muro de Rueda.
Es pues, de origen aragonés, aunque su notoriedad la alcanzó este apellido en Madrid, donde ya estaba establecida una rama en el siglo XII. Con posterioridad se fue extendiendo por Castilla, Andalucía y América. Cabe decir que el linaje de los Luján está emparentado con miembros de la alta nobleza española y adquirió la suya propia por concesión de los diversos reyes, en agradecimiento a los servicios prestados a la Corona. 
Una casa principal de este linaje se conserva en Madrid, y es conocida como la Torre de los Lujanes. 
En ella estuvo prisionero el rey de los franceses Francisco I, después de su derrota y aprensión en la batalla de Pavía, ganado por el emperador Carlos V en el año 1.525. Los títulos nobiliarios que posee este linaje son muy numerosos: El 6 de diciembre de 1.669, el rey Carlos II concedió el título de Conde Castroponce a don Fernando de Luján Robles Caballero de la Orden de Alcántara, Comendador de Esparragal y Casas de Coria, Señor de Valdetrigueros, Vizconde de Santa María y Gentilhombre del Monarca.